マシンプロパティの設定の変更を保存する際は、変更の保存先 を適切に指定する必要があります。
MagicsのマシンファイルとBuild Processorのマシンファイルで、操作が異なります。
Magicsのマシンファイル(BPなし)
Magicsのマシンプロパティでは、画面左下の 変更の保存先 のチェックボックスを操作します。

アクティブなプラットフォームのみ
現在アクティブになっている(編集中の)プラットフォームシーンのみに変更を適用します。
開いている全てのプラットフォーム
現在Magicsで開いているすべてのプラットフォームシーンに変更を適用します。十分ご注意ください。
マイマシン
現在アクティブになっている(編集中の)プラットフォームシーンの元になる、マイマシンのみに変更を保存します。
必要なチェックボックスをONにし、適用そしてOKの順にクリックすると変更が保存されます。
BPのマシンファイル
BPのマシンプロパティでは、全てのチェックボックスはグレーアウトになり、選択肢はありません。

適用そしてOKの順にクリックすると、アクティブなプラットフォームシーンとマイマシンに変更が保存されます。